«Это нормальная практика, к нам предъявляют претензии, мы предъявляем, пока нам удается справляться с этой задачей… Исков для компании мы не видим», — сказал Сечин, отметив, что ему «кажется, то, что Михаил Борисович обратился с прошением, это улучшает юридические основания для защиты интересов «Роснефти».

Глава «Роснефти» заявил, что «Роснефть» от приватизации ЮКОСа ничего не получила, поскольку активы покупались по рыночной стоимости. Также он добавил: «Если рынок будет нам предлагать эффективные приобретения, то мы будем это делать, кто бы нам их не предлагал».

В декабре 2004 года на первом аукционе активы ЮКОСа (76,79% акций крупнейшей нефтедобывающей «дочки» «ЮКОСа» — компании «Юганскнефтегаз») ушли «с молотка» компании «Байкалфинансгруп». Спустя несколько дней, «Роснефть», заняв деньги, купила 100% долю в «Байкалфинансгруп». Тогда объем запасов и добычи компании резко увеличился. Позже «Роснефть» обратилась в суд с иском к «ЮКОСу», обвинив ту в использовании заниженных трансфертных цен при покупке нефти у «Юганскнефтегаза» до его отчуждения.

В мае 2007 года «Роснефть» снова завладела крупными активами «ЮКОСа», приобретя их на аукционе. Среди них оказались 5 НПЗ, а также нефтедобывающие компании «Томскнефть» и «Самаранефтегаз». В результате «Роснефть» стала самой крупной нефтедобывающей компанией.

В настоящее время «дочка» «ЮКОСа» — люксембургская «ЮКОС Кэпитал» — через суд добивается от «Роснефти» возврата долгов компаний, которые прежде входили в ЮКОС. В 2010 году «Роснефть» заявила, что уже выплатила «ЮКОС Кэпитал» долг «Юганскнефтегаза» — 12,9 млрд рублей, но «ЮКОС Кэпитал» обратилась с кассацией на решение Арбитражного суда Томской области об отказе взыскания с «Томскнефти» свыше 7 млрд рублей по договорам займа. Арбитраж при Международной торговой палате обязал «Томскнефть» компенсировать «ЮКОС Кэпитал» 7 млрд 254,2 млн рублей, 275,2 тыс дол, 52,96 тыс британских фунтов стерлингов плюс проценты по ставке 9% годовых. Общая сумма составила 4 млрд 350 млн рублей – с 12 февраля 2007 года до дня уплаты долга. Но арбитраж Томской области отказал «ЮКОС Кэпитал» во взыскании задолженности.